Азот отдаёт свои электроны для образования второй связи с углеродом. Это приводит к разрушению одной связи между углеродом и кислородом. Электроны, участвовавшие в образовании этой связи попадают на кислород. Это два крайних варианта — истина где-то посередине, поэтому и говорят про частично-двойной характер пептидной связи.
Что-то такое происходит при образовании пептидной связи. Видно, что 6 атомов находятся в одной плоскости.
Ещё раз про плоскость, но проще. На этой схемке нет радикалов и множества атомов.
